Çift gözlü farlar, dört kompakt ve güçlü LED aydınlatma ünitesiyle donatıldı. LED sinyal lambaları ve LED arka far tertibatı ise FJR'nin yüksek teknolojili özelliklerini vurguluyor. FJR1300AE, motosikletin eğilmesiyle birlikte yanan ön uyarlanabilir viraj farları sayesinde kendi sınıfının en geniş özelliklere sahip motosikletlerinden biri haline geliyor.

FJR1300AE'de baş aşağı ön çatallarla birlikte Yamaha'nın elektronik olarak ayarlanabilir süspansiyon sistemi bulunur. "One-Up", "One-Up with Luggage", "Two-Up" veya "Two-Up with Luggage" süspansiyon ayarları arasından seçim yapabilirsiniz. Sistem aynı zamanda her ayar için "Soft", "Standard" veya "Hard" sönümleme seçenekleriyle toplam on iki süspansiyon ayarı sunuyor.

FJR1300AE, sürücünün çabuk hızlanma için yüksek tork rezervlerini en iyi şekilde kullanmasını sağlayan 6 vitesli şanzımana sahiptir. Yüksek 6. vites, yüksek sürüş hızlarında daha düşük devirler sağlıyor. Ayrıca vitesi sorunsuzca küçültmek ve virajları keyifle almak için standart Destekli ve Kaydırmalı (A&S) debriyaj sunuluyor.